Jedną z takich wyjątkowych sytuacji, jaką przewiduje ustawa w art. 79 ust. 2, jest sytuacja gdy kontrola ma zostać przeprowadzona na podstawie bezpośrednio stosowanych przepisów powszechnie obowiązującego prawa wspólnotowego albo na podstawie ratyfikowanej umowy międzynarodowej. Zatem o tym czy organ dokona zawiadomienia czy też nie, jeżeli nie regulują tego przepisy krajowe decydować może prawo wspólnotowe.

Jeżeli jednak dojdzie do przeprowadzenia kontroli bez uprzedniego zawiadomienia, kontrolujący zobowiązany jest do podania uzasadnienia przyczyny braku zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli  i takie uzasadnienie zobowiązany jest umieścić  w książce kontroli i protokole kontroli.